Étude comparative de l'efficacité diagnostique des échantillons de crachats et de liquide de lavage broncho-alvéolaire dans la communauté

BMC Infectious Diseases volume 23, Numéro d'article : 565 (2023) Citer cet article

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La pneumonie communautaire (PAC) est généralement diagnostiquée chez les enfants et le type d’échantillon respiratoire est essentiel. Les différences dans la détection des agents pathogènes entre les crachats induits (IS) et le liquide de lavage broncho-alvéolaire (BALF) n'ont pas été évaluées.

En 2018, des échantillons appariés d'expectorations et de BALF d'enfants hospitalisés pour CAP présentant des indications de lavage broncho-alvéolaire (LBA) ont été soumis à une PCR multiplex pour la détection de 11 agents pathogènes respiratoires courants.

Au total, 142 enfants présentant des crachats appariés et BALF ont été testés. Le taux global de positivité était de 85,9 % (122/142) pour les crachats et de 80,3 % (114/142) pour le BALF. Les deux échantillons présentaient un accord presque parfait entre la détection sur M. pneumoniae, la grippe A, la grippe B, le bocavirus et le RSV. En revanche, l’adénovirus avait la valeur kappa la plus basse de 0,156 et un taux de faux négatifs (FNR) de 66,7 %. Le rhinovirus avait le taux de faux positifs (FPR) le plus élevé, soit 18,5 %. Le taux constant était significativement plus élevé chez les enfants d’âge scolaire que chez ceux de moins d’un an (p = 0,005). Une co-infection bactérienne dans les échantillons BALF a été observée dans 14,8 % (21/142). Sur les 11 paires d’échantillons discordantes, 9 cas étaient des crachats (+)/BALF (-) avec prédominance d’adénovirus.

Nos résultats suggèrent que la cohérence des résultats entre les crachats et le BALF est spécifique à l'agent pathogène. Il convient d’examiner attentivement si les crachats peuvent être utilisés comme substitut au BALF lorsque les enfants sont jeunes ou que des co-infections bactériennes sont suspectées.

Rapports d'examen par les pairs

La pneumonie communautaire (PAC) reste une cause majeure de morbidité et de mortalité infantiles dans le monde [1]. Sa microbiologie clinique a considérablement évolué car les méthodes moléculaires permettent la détection d'un large éventail d'agents pathogènes directement à partir d'échantillons respiratoires avec une sensibilité élevée [2]. Par conséquent, le choix du type d’échantillon et de la méthode d’échantillonnage est essentiel pour améliorer la valeur prédictive de ces méthodes moléculaires [3].

En raison de la commodité du prélèvement d'échantillons, le diagnostic de la plupart des pathogènes respiratoires est réalisé à l'aide d'expectorations aspirées ou même de sécrétions des voies respiratoires supérieures telles que des écouvillons nasaux et pharyngés [4]. Les données montrent que ces échantillons sont sensibles à la colonisation orale, ce qui rend difficile la détermination si les isolats d'expectorations indiquent une infection, une colonisation ou une contamination [4]. La bronchoscopie par fibroscopie (FOB) avec lavage broncho-alvéolaire (BAL) est désormais considérée comme un outil important pour le diagnostic et le traitement de la pneumonie. Bien que le liquide BAL (BALF) soit un échantillon fiable pour l'identification des agents pathogènes des infections des voies respiratoires inférieures, l'identification par bronchoscopie s'est avérée difficile chez les enfants en raison de la nécessité d'une anesthésie et d'une expertise procédurale spécialisée [5]. Peu d’études ont comparé les différences de détection bactérienne entre les crachats et le BALF ; cependant, les études comparant les deux échantillons dans la détection de virus ainsi que de bactéries atypiques sont rares [5, 6]. Selon l'Infectious Diseases Society of America et l'American Thoracic Society, les virus et les bactéries atypiques (par exemple Mycoplasma pneumoniae) représentent une grande proportion de la pathogenèse de la PAC chez les enfants [7]. Par conséquent, il est important d’évaluer la prévalence d’un large éventail d’agents pathogènes dans des échantillons d’expectorations relativement accessibles par rapport aux échantillons de liquide de lavage alvéolaire.

À notre connaissance, il n'existe aucun rapport décrivant les différences dans la détection simultanée de plusieurs virus et bactéries atypiques par réaction en chaîne par polymérase multiplex (PCR) entre les crachats induits et les échantillons BALF. Nous comparons ici l'identification de ces deux types d'échantillons pour neuf virus et deux bactéries atypiques chez des enfants atteints de CAP recevant BAL. Cette approche permet une évaluation plus rigoureuse des résultats moléculaires de différents échantillons respiratoires dans la détection de plusieurs agents pathogènes.